يتم إجراء التنظير الداخلي بعد إعطاء المريض منوم تحت إشراف طبيب التخدير، خلال ذلك لا يشعر المريض بأي شيء ولا يتذكر لحظة إجراء التنظير. مما يزيل جزء كبير من القلق لدى المريض.

وفائدة أخرى من خلال التنظير الداخلي العلوي والسفلي، هو أنه من الممكن تشخيص السرطان في مراحله المبكرة واكتشاف وعلاج الأمراض التي قد تتحول إلى سرطان في المستقبل. كما يمكن في نفس الوقت إذا لزم الأمر، إزالة السلائل أو الأنواع الأخرى من الأنسجة غير الطبيعية من خلال المنظار أثناء التنظير. ويمكن أيضا أخذ عينات من الأنسجة (خزعات) أثناء تنظير القولون أيضًا.

بعد التنظير، يمكن للمرضى الخروج من المستشفى في نفس اليوم ويمكنهم البدء في تناول الطعام بعد بضع ساعات من الإجراء.