سيطلب منك الاستلقاء على جنبك، ويقوم الطبيب الذي هو استشاري أمراض الجهاز الهضمي  (Gastroenterologist) بإدخال المنظار عبر الفم بعد وضع قطعة معدنية كحاجز للتأكد من عدم عضّ المريض على الأنبوب.

​

وفي حالة تنظير القولون سيقوم وهو استشاري أمراض الجهاز الهضمي (Gastroenterologist) بإدخال المنظار إلى فتحة الشرج، ومن ثم يقوم برفعه نحو أعلى القولون، عند الوصول إلى نهاية المقطع المراد فحصه يقوم الطبيب بإخراج المنظار ببطء وهو ينظُر إلى جدران الأمعاء.

في حال اكتشاف أي مشكلة يمكن أن يقوم الطبيب بأخذ خزعة بهدف إجراء الفحص عليها (مثلا لتحديد ما إن كان هناك ورم سرطاني).